MNP Gebruiken

Algemeen

MNP werkt op een aantal geopspatial rasters en tabellen, die de gebruiker zelf moet aanleveren naar specificaties van het model. Welke rasters en tabellen precies nodig zijn hangt af van de run-configuratie van de gebruiker. Voor elke MNP run moet tenminste een lijst van soorten opgegeven worden, waarvoor MNP de analyses zal uitvoeren. De opgegeven soorten moeten bekend zijn in de soorten-database die meegeleverd wordt met MNP. Deze bevat momenteel (nov. 2022) 150 vogels, 56 vlinders en 812 planten.

Elke MNP run resulteert in een cover directory, op een door de gebruiker opgegeven locatie. In de cover wordt alle MNP output geplaatst, plus gestandardiseerde kopieen van alle input. Op deze manier wordt een op-zichzelf-staand data pakket gecreeerd waarmee de MNP uitkomsten gereconstueerd kunnen worden.

MNP controleert of de opgegeven data bestaat en of het voldoet aan de specificaties. Zo niet, dan wordt een foutmelding gegenereerd en de run afgebroken. Het log-file waarin de foutmeldingen staan komt in de cover.

MNP modelleert of een soort duurzaam voor kan komen gegeven de verspreiding en kwaliteit van leefgebied. Dit is de duurzaamheidsbeoordeling. MNP beoordeelt uit zich zelf echter niet of de soort goed is gemodelleerd. Hiervoor is een aparte validatie vereist. Een aanvullende MNP module is hiervoor beschikbaar.

Een standaard MNP run voor 146 soorten inclusief 2 environmental factors en aggregatie van de beheertypenkaart, duurt ongeveer 2 uur op een standaard WUR laptop.

GUI

UPDATE 12 FEB 2024 De GUI wordt niet meer ondersteund. MNP dient aangeroepen te worden met een *.ini file.

INI

MNP wordt ingesteld via een ini bestand. Hieronder staan de sections en keys zoals gebruikt door MNP.

[general]
project_members =
metadata_comment =
simulation_date =
app_version = v7
user =
computer =

[IO]
cover_directory =
hsi_from_disk =
hsi_directory =

[traits]
species_names =
species_traits =
group_traits =

[land_types]
source =
table =
suitability_indexes =

[parameters]
minimal_hsi = 0.1
small_pop_threshold_area = 500
small_pop_slope = 2
response_020 = 0
response_080 = 0.5
response_100 = 1

[output]
assigned_species_map = True
key_population_count_map = True
fraction_key_populations_map = True
qgis_layers = True
nkeys_map_per_species = True

[species_subselection_1]
name = 
table = 

[sub_region_1]
name=
raster=

[environmental_1]
name=
raster=
table=

Command Line Interface

MNP kan ook vanuit de CMD worden aangeroepen met het adres naar een valide ini-file als enig argument:

(mnp_environment) C:\apps\mnp_rebuild\sourcecode\> python MNP.py c:\temp\mnp_config_scenario01.ini

De gebruiker kan zelf een ini file opstellen, of een ini file gebruiken die (eerder) met de GUI is geconstrueerd.

Input pathways

Er zijn verschillende mogelijkheden om MNP te draaien, waarbij verschillende combinaties van input data benodigd zijn.

• met land-type raster en 1 of meer environmental variables

• met land-type raster, zonder environmental variables

• met reeds ge-aggregeerde land-types en 1 of meer environmental factors

• met reeds ge-aggregeerde land-types, zonder environmental variables

• met alleen eerder gemaakte HSI files

De GUI faciliteert het invoeren van verschillende combinaties van input data.

Verplichte invoer

• cover location

• parameters (zie hier voor de default waardes)

• tenminste 1 soort-selectie tabel

• Gebruik default of eigen versies voor:

  • species names tabel

  • species traits tabel

  • group traits tabel

Land type

Land-types is de generieke term voor de natuurtypologie die door MNP gebruikt wordt. Dit is meestal de SNL Index Natuur- en Landschap Natuurtypen. MNP kan op twee manieren werken met land-types:

Land-types vanuit raster

Het data-pakket voor land-types bestaat uit:

• het raster zelf (integer geotiff)

• legenda file met koppeling tussen pixel waarde en het land-type

• suitability indexes tabel met geschiktheid tussen soort-landtype [0-1]

Pre-aggregated land types

Als MNP een land-type raster opgegeven krijgt, wordt deze geaggregeerd van 2.5 naar 25m cellen. Uit deze procedure ontstaat een aparte matrix voor elk land_type, waarvan de cel-waarde het areaal van dat land-type in de betreffende cel weergeeft. Deze worden als npz bestanden opgeslagen in de output cover.

NPZ bestanden kunnen direct aan MNP worden aangeboden als brondata voor de land-types. In dat geval is aggregatie niet nodig, MNP slaat die stap over.

Environmental variables

MNP kan werken met een, geen of meerdere Environmental variables. Elke Environmental Variable bestaat uit:

• de naam van het environmental factor (string)

• het raster zelf (floating point geotiff)

• suitability indexes tabel
  

MNP gebruikt in de meeste toepassingen drie environmental variables: GVG, N-depositie en bodem-pH. De GVG kaart wordt besproken in Pouwels et al (2017) . De pH kaart is gebaseerd op Wamelink et al (2019). N-Depositiekaarten zijn beschikbaar via het RIVM GCN & GDN kaarten.

HSI files

MNP kan ook eerder gemaakte HSI files bewerken. Info volgt.

MNP Output

• De output van een MNP run is een cover directory. De exacte inhoud van de cover varieert met de input pathways.

• De opbouw van de cover is:

  • input. Hierin wordt alle input data naartoe gekopieerd en hernoemd naar een generieke naam. Hiermee is het mogelijk om de MNP run te reproduceren.

    • de geaggregeerde versie van de land-types kaart wordt opgeslagen in input\land_types\aggregated

    • meta. Hierin staan het run-log, foutmeldingen, de visualisatie van de run en een kopie van de ini file

  • output. Hierin staat alle output die per soort geproduceerd wordt, zoals de HSI rasters.

  • output\subselections. Hierin staat voor elke subselectie een aparte directory. Daarin staat de output voor elke subselectie. Voor elke soort in de subselectie wordt middels een QGIS layer file terugverwezen naar de raster files in \output. Op die manier kan de output van een soort terugkomen in meerdere subselecties.

  • output\subselections<name>\tables. Hierin staan de gedetailleerde en samenvattende tabel van de species subselectie. In de samenvatting tabel staat oa het percentage doelbereik. De gedetailleerde tabel wordt hier toegelicht.

  • output\subselections<name>\hotspot_maps. Hierin staan 3 kaarten:

    • aantal soorten toegekend op basis van land-type per pixel (assigned_species.tif)

    • aantal keypopulations per pixel (key_populations_count.tif)

    • fractie keypopulations (fraction_key_populations_map.tif)